Série dérivée de Stargate SG1.
Daniel Jackson découvre l'adresse complète à 8 symboles de la porte des étoiles de la cité d'Atlantis. Pour activer cette porte qui se trouve dans la galaxie de Pégase, une très puissante source d'énergie est requise. Le général O'Neill accepte d'utiliser l'unique E2PZ afin d'avoir la puissance nécessaire pour activer la porte vers Atlantis.
Une équipe internationale de chercheurs et de militaires est constituée et envoyée au travers de la porte. Tous savent qu'il n'y aura pas de voyage retour possible s’ils ne trouvent pas la source d'énergie nécessaire afin d'activer la porte dans l'autre sens.
La galaxie de Pégase possède un autre réseau de portes des étoiles qui a aussi été construit par les Anciens, mais seule la porte d'Atlantis a la capacité d'établir une connexion vers la Terre.
Au cours de leur première visite d'une planète, grâce au nouveau réseau de portes de la galaxie de Pégase, l'équipe d'Atlantis découvre un nouvel ennemi appartenant à une race d'extraterrestres appelé Wraiths.
La cité est commandée par le docteur Weir ( jusqu'à la saison 4), l'équipe d'exploration principale d'atlantis est constituée du Lt.Colonel Sheppard, du docteur McKay, de Teyla Emmagan ( du peuple Athosiens) et de Ronon ( une e-runner.)